En Java 8, si queremos borrar todos los ficheros regulares de un directorio, exceptuando por ejemplo los "pom.xml", haríamos lo siguiente:
Files.walk(directoryPath)
.map(Path::toFile)
.filter(f -> f.isFile() && !f.getName().equals("pom.xml"))
.forEach(f -> {
log("Deleting file " + f);
f.delete();
});