En Java 8, si queremos borrar todos los ficheros regulares de un directorio, exceptuando por ejemplo los "pom.xml", haríamos lo siguiente:
Files.walk(directoryPath) .map(Path::toFile) .filter(f -> f.isFile() && !f.getName().equals("pom.xml")) .forEach(f -> { log("Deleting file " + f); f.delete(); });