Para incluir Bootstrap 3 en nuestra aplicación de Angular 2 hacemos lo siguiente:
1) Incluimos bootstrap + jquery en package.json
npm install --save bootstrap@3 jquery
2) Incluimos el .css en styles.css
@import "../node_modules/bootstrap/dist/css/bootstrap.min.css";
3) Incluimos los .js en el "scripts" de angular-cli.json
"scripts": [ "../node_modules/jquery/dist/jquery.min.js", "../node_modules/bootstrap/dist/js/bootstrap.min.js" ]